대기업 관련 세제헤택은 더 줄이고 고소득자는 세부담이 더 늘어나는 방향으로 2016년 세법이 개정됐다.

2일 기획재정부에 따른 국회는 이날 본회의를 열고 이같은 내용의 소득세법, 조세특례제한법 등 12개 세법개정안을 통과시켰다. 개정된 세법안은 대부분 내년부터 시행될 예정이다.

우선 국회 심사과정에서 대기업 관련 비과세·감면혜택이 정부안보다 더 축소됐다.

대기업 연구개발(R&D) 비용에 대한 당기분 기본 세액공제율은 기존 2%에서 1%로 축소됐다. 대신 매출액에서 R&D비용이 차지하는 비율에 따라 공제혜택이 주어지는 추가공제율을 기존 1%에서 2%로 확대했다. 증가분 세액공제율도 현행 40%에서 30%로 낮췄다.

이는 기본 공제율을 낮추고 기업이 버는만큼 더 투자할 경우 높은 세액공제혜택을 받을 수 있도록 공제율을 조정한 것이다. R&D세액공제 혜택을 대기업이 다 가져가는 반면 실질적인 매출 대비 투자액은 낮다는 지적에 따라 투자실효성을 높이기 위한 것으로 풀이된다.

정부가 새롭게 만든 신성장기술 사업화시설 투자에 대한 세액공제율도 조정됐다. 대기업에 대한 공제율을 기존 7%에서 5%로 낮추고 중견기업 공제율도 8%에서 7%로 축소했다. 중소기업에 대한 공제율은 10%로 정부안대로 유지됐다.

대기업에 1% 공제율이 적용되는 에너지절약시설 투자세액공제 제도는 일몰기한이 2019년 12월31일에서 2018년 12월31일로 1년 앞당겨졌다. 의약품 품질관리 개선시설 투자세액공제 제도는 3%의 대기업 공제율을 1%로 2%포인트(p) 축소했다.

정부가 부동산 서비스산업 육성방안의 일환으로 야심차게 내놓은 '장기임대주택 부동산집합투자기구 등 투자에 대한 과세특례 제도'는 실효성이 떨어진다는 지적에 따라 국회 문턱을 넘지 못하고 폐기됐다.

또 기업활성화를 위해 2017년까지 3년 한시로 도입된 기업소득환류세제는 배당 가중치가 정부안보다 0.3 축소됐다. 정부는 투자와 임금증가, 배당의 가중치를 1대 1대 1에서 1대 1.5대 0.8로 조정하는 개정안을 국회에 제출했으나 국회 심사를 통해 배당액 가중치가 0.8에서 0.5로 축소됐다.

자기자본 500억원을 초과하는 대기업(상호출자제한기업)의 이익을 가계와 사회로 환류시켜 경기를 활성화시키기 위해 도입됐지만 동일한 가중치가 적용되면서 기업들이 투자나 임금 대신 배당금에 더 많은 이익을 배분하자 배당 가중치를 줄인 것이다.

이번 세법개정의 또하나의 특징은 고소득자의 세부담이 늘어난다는 점이다. 세법개정을 통해 소득세 5억원 초과 과세표준이 신설돼 40%의 최고세율이 적용됐기 때문이다. 기존 소득세 최고세율은 1억5000만원 초과 과세표준에 적용된 38%였으나 세법개정으로 고소득자에 대한 최고세율이 2%p 인상됐다.

소득세 최고세율 인상에 따라 근로소득자 6000명, 종합소득자 1만7000명, 양도소득자 2만3000명 등 약 4만6000명의 세부담이 늘어날 전망이다. 특히 이를 통한 연간 세수증대효과는 6000억원에 달할 것으로 분석됐다.

과세표준 6억원 초과 소득자의 경우 세율이 2%p 인상되면서 1억원 초과분에 대해 200만원의 세금을 더 내야 한다. 또 8억원과 10억원 초과 고소득자도 각각 600만원, 1000만원의 세부담이 증가할 전망이다.

신용카드 등 카드소득공제 제도도 일부 변경됐다. 7000만~1억2000만원 급여자의 경우 공제한도가 2019년부터 300만원에서 250만원으로 축소될 예정이었으나 세법개정을 통해 2018년부터 공제한도를 줄이도록 앞당겨졌다. 또 2019년 12월31일까지 일몰연장하기로 한 카드소득공제 적용기한도 2018년 12월31일까지 1년 단축됐다.